早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿逐渐长大后，挤压不破的情况下，可以根据自身情况，如果影响日常生活，可以到医院做手术切除囊肿，也是有一定的复发率。
不严重。因为上颌窦囊肿属于良性肿瘤，为上颌窦肿瘤中最常见的一种疾病，虽然生长缓慢，但发展到一定程度后也会出现临床症状，有骨质破坏者易误诊为上颌窦恶性肿瘤。小的囊肿可以观察，出现临床症状的需手术治疗。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
脑囊肿可分为蛛网膜囊肿和室管膜囊肿，前者占绝大多数，后者少见。蛛网膜囊肿是脑脊液样的囊液被包围在蛛网膜所形成的袋状结构而成，最常见于中颅底、桥小脑角、鞍上和颅后窝等。可致颅内高压，引起脑水肿、脑疝，危及生命。
骶管囊肿可以使用药物治疗，骶管囊肿（sacralcanalcysts）一般认为是先天性疾病，也有部分是后天获得的，属于硬脊膜内囊肿，以长期的慢性下腰部、骶尾部和会阴部疼痛为主要表现，骶管囊肿多数认为是一种先天性疾病，也有部分是后天获得的。
