多是由于肛腺脓肿，或者是坐骨直肠间隙脓肿，穿破肛提肌进入骨盆直肠间隙引起的。是肛门周围脓肿的一种。发病因素包括肥胖，糖尿病等。常见的致病菌是，大肠杆菌，金黄色葡萄球菌，链球菌，绿脓杆菌，厌氧菌，常伴有多种病原菌混合感染引起来的。治疗方法包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗主要是联合应用抗菌药物。手术治疗就是脓肿的切开引流。
得了骨盆直肠脓肿一般要做手术，手术切口同坐骨直肠窝脓肿，但稍偏后且略长。左食指伸入直肠内探查脓肿位置并做引导，另一手持弯曲管钳经过皮肤切口，穿过肛提肌进入脓腔，按前后方向撑开排出脓液，再用右食指插入脓腔，分开肛提肌纤维，扩大引流，冲洗脓腔后，放入软像皮管或卷烟引流，并用安全别针固定，防止其滑入脓腔内。
一坐骨直肠窝较常见，多由肛腺感染经外括约肌向外扩散到坐骨直肠间隙而成。脓肿范围较肛周脓肿深而广，容积约有60～90ml，发病时觉患侧持续性疼痛，逐渐加重，坐立不安，也可有全身感染症状，如乏力、发热、食欲不振，甚至有寒战、恶心等。有时有反射性排尿困难。由于感染位置较深，初期局部体征不明显，以后出现患侧局部红肿，有时有深压痛。直肠指诊，患侧有压痛性肿块，甚至有波动感。
痔疮主要表现为便血、疼痛、瘙痒、痔核脱出等，可进行直肠指诊、肛门镜等检查，如诊断为痔疮可应用1：5000溶液坐浴，外涂痔疮膏，服用药丸等治疗，保守治疗效果不佳者可进行手术治疗，忌酒辛辣食物，保持大便通畅，避免久坐，以免病情加重或复发。
儿童肛肠脓肿的原因可能是肠道的细菌进入到了肛隐窝内出现了感染，也可能是肛瘘出现了细菌感染造成的。
平常如果排便习惯不是很好导致肛隐窝出现了积粪的现象，容易繁殖大量的细菌感染从而出现肛肠脓肿，而且肠道内的细菌如果进入到了肛瘘处，也会引起感染导致肛肠脓肿。
肛肠脓肿需要积极配合医生利用抗感染的药膏治疗。
