龟头炎多采用药物治疗，包括口服和外用抗菌药，如果病人合并包皮过长或包茎可以切除包皮。此外，病人应养成良好的卫生习惯，及时清洗包皮。如果是因为不洁性行为造成的龟头炎，应杜绝。
龟头炎治疗和预防注意局部卫生，每日清洗龟头和包皮，如包皮过长要及时治疗，必要时作包皮环切术，及时清洁包皮垢很有必要。避免细菌感染，及时治疗，如患有滴虫性或白色念珠菌容易导致包皮龟头炎，影响男性健康。对于急性包皮龟头炎要避免使用药类，以免引起更加严重的感染。
手术治疗大约需要1个月，非手术治疗半个月左右到20天左右，主要的原因是包皮过长和包茎，诱因主要是最近病人可能生活工作压力大，过度的劳累、进食刺激性食物和饮酒、吸烟过多导致的免疫力低下，也可以通过性接触而诱发。
龟头炎如果不是很严重，一般就是有一些红点或者红斑，或者包皮垢比较多，本身没有太明显的症状，可以先用清水注意清洗，不用专门用药，自己就可以好转，但是一般有大片的红斑，或者瘙痒症状，可以先外用抗真菌的抗生素外用。
如果病人的早期症状相对较轻，但只要做好日常保健的龟头炎本身可以好，如果龟头炎是更严重的病人，龟头炎想自己的好是不可能的事情，不治疗会导致疾病的继续恶化。在出现早期症状时，必须禁止性生活，每天用温水洗澡以清洁龟头，将龟头内的脏物清理干净。
患者可以通过临床症状区分真菌龟头炎和细菌龟头炎，具体分析如下：
包皮过长、包茎、龟头有红肿、疼痛、白色或脓性分泌物等都是细菌性龟头炎。霉菌性龟头炎的症状是豆腐渣样的分泌物，清洗后会出现白色的薄膜，出现红肿，有明显的异味。细菌性龟头炎可以用红霉素、金霉素软膏等药物进行局部清洁。如果是真菌性龟头炎，可以在清洁后使用氟康唑或酮康唑软膏。