分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
通常情况下，对于胃间质瘤，如无手术禁忌，则需行外科手术，胃间质瘤则采用腹腔镜下手术，胃底部及胃体部的胃间质瘤则需行胃楔形切除术。切除范围为1~2cm，除肿瘤外，尚有正常胃壁组织。
如果是中高危病人，可以选择伊马替尼作为一种靶向药物。术后要注意饮食，尽量少吃，尽量少吃，尽量少吃东西，术后要定期随访，胃镜检查一年以内。
间质瘤一般都是良性的，可以先观察，可以再过两三个月再查查胃镜或者增强ct，看看有没有什么变化，间质瘤是一种良性肿瘤，是不严重的，只不过极少数的间质瘤生长比较快，可能会压迫局部的器官或者组织，引起其他的症状，而出现疾病。
治疗0.8cm大的胃间质瘤就应该去医院进行一下手术治疗。间质瘤是一种介于良性与恶性之间的肿瘤，一般是需要手术治疗，手术应选择彻底切除为主，否则容易复发或转移。术后根据情况可能需要服用药物来进行治疗，预防复发。
不管多大的胃肠间质瘤都需要切除，应为患有胃肠间质瘤很容易发展为恶性肿瘤，越早进行手术治疗，对病号的肿瘤病变部位进行切除，越能够有效的快速控制患者的肿瘤病情。
胃镜下胃间质瘤切除方法有ESD剥离术，隧道法和全层切除法是剥离术主要的方法，隧道法就是在胃黏膜下打隧道，找到病变挖除，然后把隧道口封闭，ESD挖除法指将黏膜表面剖开，把病变直接挖除。
