矮小症的治疗方面首先判断病因，包括内分泌的因素、非内分泌的因素。内分泌的因素常见的包括生长激素的缺乏，与垂体有关，也与颅内的一些病变有关。如果颅内有一些器质性的病变，可以针对器质性病变进行治疗，之后如果需要进行生长激素的替代治疗，就给予生长激素的替代。
矮小症患者大多经过药物治疗长得高大，关键在于找出矮小症发病原因并给予针对性治疗。合理饮食和适量锻炼是促使儿童长高的主要原因。锻炼不但可以促进生长激素分泌，而且，人体在得到充分锻炼之后也会增加食欲，有利于儿童增高。
建议孕妇在怀孕时加强常见，如果发现胎儿发育异常，及时做好治疗，达到优生优育的结果，避免孩子携带有矮小症等先天性疾病。
身高多少算矮小症需要根据具体情况进行判断。
如果是同一族群，同一性别，同一年龄段的病人，如果其身高在两个标准差之下，则属于矮小病。此外，儿童的生长速率也可以用来衡量矮小症，3周岁以内的婴儿生长速率低于7cm；在3岁至青少年之前，生长速率在3~5cm/年以内；青少年的生长速率低于5-6cm等情况都属于身高的生长比较迟缓，可能是矮小症的表现。
遗传矮小症有一定的治疗手段，但是作用比较小。
对于遗传性的矮小症，一般没有较好的方法来治疗，可以通过使用药物和日常护理来缓解。建议在日常生活中注意休息，保证充足的睡眠，饮食中富含营养，最好是加强锻炼，平时多晒太阳可以有利于补充身体的维生素D，维生素D对钙的吸收来说是必不可少的，然后多吃一些含钙的食物，帮助骨骼生长。必要的时候可以前往医院进行生长激素药物的注射，部分患者也是可以达到普通人的标准身高的。
中医对于治疗矮小症有一定的效果。
矮小症有可能是由于脾肾亏损、气血不足导致的，所以要注意平时的生活要均衡，平时要注意饮食。尤其是小儿病人，其与父母的膳食安排有密切的联系。因此要根据具体的病因来进行调理，适当的中成药是可以的。矮小症是因为肺、肾两亏所致。可以选择服用补肺汤和河车大造丸。如果因为是因为肝肾阴虚，所以可以用大补阴丸加减中药方来治疗，中医可以治疗矮小症，也可以起到缓解的作用。
