灌肠治疗就是将生理盐水、药物或相关润肠通便的药物，通过肛门灌入直肠的一种方法。灌肠分为清洁灌肠，还有保留灌肠，清洁灌肠主要是因为便秘的病人，排便困难，大便质硬，嵌顿到肠腔内无法排出，用生理盐水灌入肠道，以增加肠腔的压力，促进粪便的排出。
灌肠可以治疗很多疾病，不同疾病选择药物也不同。最常见的是数日未大便，大便干燥，不能排出，可以用开塞露灌肠以助通便。儿科常用的是用疏解退热液灌肠退热。另外溃疡性结肠炎及克罗恩病也可以灌肠，减轻局部炎症。但无论是发烧还是炎性肠病，灌肠都是辅助治疗。还需要口服药物解决根本病因。灌肠一般侧卧位，灌肠后侧侧10分钟。
可以药物灌肠治疗，痔疮容易引起便血，便秘，疼痛，以及大便时有肿块突出等症状，形成的病因是痣静脉充血导致，而治疗上需要的病情来决定，轻度是可以保守治疗，但如果重度只能是手术，需在专业医生的指导下进行。
使用灌肠疗法是可以治疗盆腔炎的，特别是慢性盆腔炎，用中药灌肠效果是比较好的。因为中药在直肠内，也在盆腔，和女性的生殖道是非常邻近的。在直肠内用药就可以使盆腔的局部的血液浓度的升高，以此来治疗盆腔炎。
灌肠当月不建议怀孕。
中药灌肠是通过肠黏膜吸收治疗妇科疾病，吸收率是比较好，最好妇科疾病治愈后再备孕。在灌肠三个月以后就可以备孕，因为怀孕早期尤其是前三个月和怀孕的前三个月，任何药物都有可能影响卵子的生长发育和受精着床。在备孕的期间一定要吃叶酸片，预防胎儿神经管畸形。要注意避免劳累，放松心情，居住的室内空气保持清新，还要保持外阴清洁卫生，勤换内裤。
