做ct还是做磁共振要看头疼的原因是什么，要根据头疼原因由医生决定。头疼做ct还是做磁共振需要就诊的医生进行判断，这两个检查各有自己的利与弊，ct作为常规扫描是没有问题的，一般颅内有血ct是可以直接检测出来的，但是一些早期或者更早期的脑梗塞ct是无法显示出来的，这就需要磁共振来进行检查，所以单纯头痛可以做ct，如果想要全面性的检查，建议磁共振头部的磁共振检查比ct更加能清楚的知道具体病情，做CT是可以看清楚硬组织如头颅骨头，而做磁共振能够看清楚软组织如脑部，ct有辐射，而磁共振没有辐射，所以如果只是单纯头疼，可以先做脑ct，根据检查结果，看是否需要做磁共振进一步检查。注意事项及禁忌：对于有心脏起搏器，体内有金属植入物及幽闭恐惧症者，是禁止做核磁共振检查的。
头疼拍ct比较好。头痛是日常生活中的常见症状，CT检查较实惠，较低费用即可解决部分较大的问题，如是否存在肿瘤或出血等，且大部分引起头痛的原因通过CT检查即可解决；若出现神经痛或颅脑神经压迫病变，MR检查效果更好，但MR收费相应较高。若患者出现头痛现象，医生将根据头痛不同的性质、部位、症状安排不同检查。若患者为持续、反复跳痛，且疼痛迁延不愈，则应进行磁共振检查观察神经的情况。引起头疼的原因是比较多的，建议根据头疼的原因进行选择，可以在医生指导下进行相关检查，确诊后治疗。
如果是经常头痛的情况下，是可以做一个头部的核磁共振检查的。如果头部的血管等没有问题，那考虑可能是神经性头痛，这时就可以使用一些止痛的药物来治疗，平时要注意多休息，不要让头部着凉，保持均衡的影响膳食，荤素搭配。
头疼通常不需要做核磁共振，头疼通常治疗一下，吃点药就是可以的，但是如果经常性的头疼，要做个核磁共振，因为这样检查的比较仔细，也是为了预防有其它的症状。
头疼引起的原因有，颈椎病压迫枕神经引起的枕大神经痛，引起后脑勺，头顶疼痛。颅内占位性疾病引起的高颅压头痛，长期服药引起的药物依赖性头痛，颅内压降低引起的低颅压头痛，和鼻窦炎引起的头痛等。原发性头痛主要指没有明确的原发疾病而出现的头痛，常见的有偏头痛，紧张性头痛，丛集性头痛。
