自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
如果孕妇在孕期两三个月就会出现自然流产，那么很有可能是由于夫妇俩的染色体有问题；也可以考虑到男性的精子异常；也有可能是因为卵泡的品质不好；如果是因为以前做了很多次的人工流产，造成了子宫内膜的厚度，那么在妊娠之后很可能会发生自然的流产。
通常这种类型的妇女都会到医院的妇产科进行详细的检查，确定引起自然流产的原因，确定病因之后，如果能够再怀孕，那么就可以顺利的怀孕，直到足月。不做手术治疗，很有可能再次发生自然流产。
怀孕后自然流产可能是胚胎或胎儿染色体异常、感染性疾病、黄体功能不全等原因造成的。
1.胚胎或胎儿染色体异常：胚胎或者胎儿出现染色体的数目或者结构异常时，可导致胚胎或者胎儿无法正常发育，引起自然流产的现象。
2.感染性疾病：如果孕妇出现了带状疱疹病毒、风疹病毒等感染，会导致病原体通过母体传染给胎儿，对胎儿的发育造成一定的影响，严重时也会引发自然流产。
3.黄体功能不全：如果孕妇出现了黄体功能不全，导致孕酮分泌不足，影响到胚胎或者胎儿的发育，使孕妇出现了自然流产。
4.其他：严重贫血、过度紧张、不良生活习惯等也可能会引起怀孕后自然流产的现象，需要做相应的鉴别和诊断。
如果是精子或者卵子有问题，会造成精子和卵子的结合，从而产生的受精卵质量差，也有可能是孕妇和胎儿血型不合造成的。当然，在怀孕的时候，胎盘的发育也会受到影响，导致胎儿生长缓慢，甚至是导致胎儿死亡。还有就是在怀孕的时候，如果情绪波动很大，很容易导致流产。如果是因为自身的子宫发育不良，或是患有子宫肌瘤等疾病，都会造成自然流产。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
怀孕3个月自然流产有一定的原因，怀孕3个月还属于早期流产，引起早期流产的原因比较多，胚胎停止发育有的是胚胎本身发育不好，自然死亡，有的是激素不足以支持胚胎发育，造成死亡.或宫腔畸型使胚胎无法生长.一些疾病如糖尿病，甲亢等也会使胚胎停止发育.造成胚胎发育异常的原因有遗传因素，有无感染，是否接触放射性物质，有毒的化学制剂，是否吃了孕期禁忌的药物，高温，过度受刺激等。
孕妇在怀孕初期时，胚胎在体内的状况也还不稳定，此时孕妇受到刺激，引起体内环境失调，促使子宫收缩引起流产；生病也容易导致流产。早期流产的主要原因是孕卵异常，除了身体内部的原因，外力的影响也有可能会导致流产。
