怀孕初期检查有囊肿可通过以下方式进行处理：
妊娠早期发现有囊肿可能是妊娠期间伴有的附件囊肿。妊娠伴有附件囊肿通常是一种良性的疾病，其病因包括内分泌功能失调、遗传、环境等。如果囊肿体积小，没有任何的临床表现，基本不会对怀孕产生什么不良的影响。如果妊娠时有严重的附件囊肿，伴随着孕周的延长而发生腹部疼痛，甚至会对怀孕造成一定的阻碍。如果囊肿的大小或者妊娠时的症状比较严重，可以在妊娠三个多月后进行适当的处理。对于高度怀疑恶性肿瘤的患者，应该尽早进行手术治疗。
平时一定要注意休息，在怀孕前三个月胎儿还不稳定，不可以同房，在日常饮食中也要以清淡为主，不要吃一些辛辣，生冷，刺激的食物。吃一些营养的东西。好好养身体。怀孕期间如果检查有附件囊肿的话，这个也属于是正常的，这是形成的一个黄体囊肿。黄体囊肿主要分泌孕激素支持怀孕，属于是正常的等怀孕三个月以后胎盘会分泌孕激素，所以会有不同程度的自然消失。
怀孕初期检查有囊肿，一般指的是怀孕同时合并附件囊肿。妊娠合并附件囊肿绝大多数都是良性病变，发病原因与内分泌功能紊乱以及遗传因素和环境因素等多种原因有关。囊肿体积较小时一般没有明显的临床症状，也不会对妊娠过程造成大的影响，一般无需进行特殊处理，注意定期复查。如果囊肿体积比较大，或者是妊娠期症状比较明显，可以在怀孕满三个月后选择合适的时机进行治疗。
怀孕检查有囊肿，如果囊肿比较小，可以先观察一段时间等孩子生下来以后再处理，在怀孕期间有卵巢囊肿就是一个良性的病变，如果没有压迫或者是其他的症状，应该对身体没有多大的影响。
怀孕后由于体内激素升高，会出现生理性卵巢囊肿，这种卵巢囊肿透声性比较好，并且也不会很大，生完孩子后会自行消失。要看卵巢囊肿大小和性质，以及是否有分隔带血流等，如果卵巢囊肿中可以检测到血流，那么就是病理性的可能性大。
怀孕检查出来卵巢囊肿的原因如下：
孕早期的卵巢囊肿多为妊娠引起，是排卵以后形成黄体，逐渐演变成囊肿。这是正常的妊娠生理现象，一般这种囊肿通常会在妊娠14周内自然消失。病理性的囊肿常常会出现腹部疼痛、腹部有包块等症状，针对这种情况首先患者要到医院进行详细的检查，主要是判断囊肿的类型以及囊肿大小。对于囊肿不大的孕妇来说，可以先进行保守治疗，控制囊肿的生长；
