生化妊娠流产的原因，首先是胚胎染色体异常，是生化妊娠流产最常见的原因。除遗传因素外，感染、药物等因素也可引起胚胎染色体异常。其次是母体全身性疾病，比如感染、发热、生殖器官异常、黄体功能不全、心理过于紧张等不良刺激等都可以导致流产。再次是父亲精子染色体异常。最后是环境中过多接触甲醛、放射线等。
生化妊娠是流产，生化妊娠就是在查血的时候，出现了绒毛膜促性腺激素升高或者做尿妊娠试验的时候出现了弱阳性的反应，但是过几天以后血中的绒毛膜促性腺激素降到正常，尿液呈阴性，这叫生化妊娠流产。
自然流产大多指的是自然状态下发生的流产，根据孕妇怀孕时间长短分为早期流产、晚期流产，早期流产指的是怀孕12周以内，晚期流产指的是怀孕12-28周之间。生化妊娠多指的是精子与卵子结合后未顺利着床，发育成死胎的情况，常表现为HCG阳性，B超未见孕囊。生化妊娠对身体无太大的伤害，生化妊娠期间很像来一次月经，出血量与月经量差不多，基本10天左右可以流干净。
生化妊娠也属于流产，也就是受精卵赛，子宫内着床了，受体内激素影响，子宫内膜又脱落了，用了验孕棒检测，可能是两条杠，但是去医院做B超的话没有看到孕囊，也许还会有出血的症状，这很难觉察到，以为这只是一个正常的月经。
生化妊娠也是属于自然流产的一种，两者最大的区别来说就是怀孕时间的长短方面。生化妊娠是在排卵期同房后有受精卵的结合，然后有受精卵在宫腔内着床，但是着床不稳，随着月经出血被排了出来，如果不特意去查血HCG，很多人都不知道发生了生化妊娠。自然流产往往会有月经超期不来，经过检测，能够查到怀孕，但随着妊娠的进行胚胎死亡或者停止发育，然后有类似月经量的出血。
生化妊娠是自然流产的一种特殊类型，是通过查血绒毛膜促性腺激素已经明确诊断是怀孕，但是彩超检查没有探及妊娠依据，然后自行出现阴道流血，血绒毛膜促性腺激素下降至正常。而自然流产包括生化妊娠，还有一种情况就是彩超已经明确诊断是宫内早孕，然后胚胎停止发育或自然流掉。
