目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧囊术后十五年没有复发，不会再复发，手术治疗是比较有效的治疗方式，如果在手术过程中，子宫内膜没有完全剥离，在术后一到两年也许会复发，如果在术后十五年没有复发，复发的几率会降到最低。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症异位的内膜长到了卵巢上，形成血性的、包裹性的液囊，也就是囊肿，所以称之为巧克力囊肿，由于自身有一些容易产生子宫内膜异位症的因素，即使是做完手术，很可能还会复发。
