肛门指检是肛肠科常用的、最基本的检查方法，肛管和直肠下端的疾病都可以通过直肠指检来做初步的诊治。比如直肠下端的肿瘤、直肠癌以及低位直肠癌等，都可以通过直肠指检来进行诊断。另外，肛乳头瘤甚至痔疮也可以通过直肠指检来诊断。
肛门指检在100元-500元，肛门镜检查在200-300元，肛门指检是先做肛周局部按摩，然后将食指进入直肠仔细检查，明确直肠内是否有肿块结节，退出后观察指套上是否有血染。
肛门指检主要用于检查患者直肠下段，肛门至肠道内距离小于6-7cm的部分疾病。低位的直肠癌、肛管癌、良性肿物、直肠下段息肉、较大的痔核均可通过肛门指检发现。同时对肛瘘内口检查时需采取肛门指检。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
肛门指诊是诊断直肠疾病包括直肠癌的重要的检查手段。但仅仅通过指诊并不能诊断直肠癌，只不过是发现异常从而进行进一步检查，主要是通过肠镜检查，异常部位取组织活检明确病理诊断。如果有下消化系统症状，需要行肠镜检查的。
这不会影响检验结果。当做肛门指检的专家做肛门指检时，说体位摆的不够好，也就是说这样的身体姿势对检查不太方便，检查的视野会稍微差一点，但只专家生当时仔细而顺利地检查，结果应该没问题。
