指甲盖上出现坑坑洼洼很可能是营养不良，或者是缺乏一些矿物质以及一些微量元素引起的。可以到医院去检查一下微量元素，平时要吃一些含维生素或者是含一些矿物质的食物。但是也有可能是真菌感染导致的，所以在平时一定要注意清洁。
指甲表面坑坑洼洼的原因有很多种，考虑的缺乏营养，尤其是对铁元素的缺乏，除了缺铁元素还有可能缺少其营养，如钙元素等。其次要考虑因密切接触化学化合物而导致指甲坑坑洼洼。此外，手部湿疹、相关药物病、低氧血症或者高原反应、雷诺病、心脏病、甲状腺功能减退症、指甲真菌感染、指甲外伤、肌肉和骨骼疾病等也会出现指甲坑坑洼洼的现象。所以一旦指甲出现坑坑洼洼的症状要及时就医。
指甲凹凸不平不排除是营养不良导致的，也可能是身体维生素缺乏A、钙质所致。平时要多吃些胡萝卜、动物内脏等来补充，还要多食用些优质蛋白质。如果还伴有指甲颜色异样，甲床变脆等症状，则也考虑是灰指甲的因素，需要去门诊做个真菌检查。
有可能的，肾癌的具体病因和发病机制不是很明确，但如果经常性接触化学物质，是有可能诱发癌症的，肾癌病理标本有报道接触金属铺的工人、报业印刷工人、焦炭工人、干洗业和石油化工产品工作者肾癌发病和死亡危险性增加。
指甲出现坑坑洼洼的现象见于灰指甲，是由于指甲受到真菌侵犯之后引发的指甲破坏性疾病，表现为指甲表面出现浑浊、增厚、表面坑洼不平，同时容易变脆易折断的现象。灰指甲是由于身体其他部位的真菌逐渐感染而来。
指甲上出现坑坑洼洼的小点，考虑甲凹点的可能性大，甲凹点有时与其他皮肤疾病有关，最常见的就是银屑病及斑秃，银屑病患者会出现顶针样甲，慢性湿疹以及甲营养不良也会导致甲凹点的发生。如果有上面疾病，需要积极治疗原发疾病，指甲也就会明显好转。