长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。
如果大便出血经常发生，检查后考虑肛瘘，应考虑大便干燥或便秘引起的肛裂和最终感染引起的肛瘘。应注意饮食习惯的季节性调整，尽量吃一些清淡易消化的食物，多吃蔬菜和水果，养成每天排便一次的习惯，防止便秘。如果病情较严重，应在医院进行进一步检查或手术治疗。
到当地正规的医院检查治疗，在进行肛瘘手术以后要住院观察半个月左右的时间，住院期间每天大便以后使用温热水冲洗肛门以后再进行换药的处理，有利于伤口的恢复。另外，大便以后要注意清洗肛门部位，保持局部的清洁，而且每天都要进行换药。
肛门指诊时可以在肛内齿线处触及到硬节或凹陷，或按压瘘管时有脓液流出。而大部分病例的内口很隐蔽，或是闭合的，这就需要先找瘘管或外口，然后再顺藤摸瓜。方法有六，看、摸、探、灌、照、切。这些方法针对不同瘘管，各有适应范围，有时一种方法就能找到，有时需要几种共同配合。
