最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。
硫酸软骨素的主要作用是降低血脂，有轻微修复软骨、促进软骨再生的作用，有一定缓解关节疼痛的作用，还能预防冠心病。而氨糖软骨素的作用是减轻关节炎症，缓解关节疼痛，抑制关节软骨破坏酶，促进软骨修复。硫酸软骨素一般都是药品，具有明确的治疗作用。而氨糖软骨素有一部分产品属于保健品，对于其产品成分的监管和控制并没有药品严格。
硫酸软骨素和盐酸软骨素都属于保健品类别，其用于改善骨密度。不仅可以补充软骨素，还可以改善骨骼和关节活动。多用硫酸软骨素，主要是因为硫酸软骨素比盐酸软骨素更容易吸收，吸收的更好一些。
硫酸软骨素在十到二十元左右一瓶。硫酸软骨素主要是从猪的喉骨、鼻中骨以及气管这些软骨组织中提取制得的，它是一种酸性粘多糖成分。主要用于高脂血症，能够有效的预防冠心病、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化以及心肌缺血性疾病。
这种药物是由氨基葡萄糖以及硫酸软骨素钙两种药物结合而成。这些药物能够促进关节软骨的再生，减少关节软骨的损伤，促进关节软骨分泌关节滑液，并且能够有效的消除引起局部疼痛的炎症致病因子，从而有效的缓解膝关节以及全身多处关节的骨性关节炎症。
