非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。
非淋菌性尿道炎肛门坠，25岁以下占60%。男性可合并附睾炎，附睾肿大，发硬且有触痛，有的还可合并睾丸炎，前列腺炎等。女性可并发官颈炎，宫颈炎症和糜烂，分泌物增多，阴道及外阴瘙痒采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。治疗后10－20天复查再次均为阴性，并用临床症状消失。本病治疗时所需的疗程较长。
男性非淋菌性尿道炎就是特指衣原体、支原体感染导致的尿道炎。这种病是有不洁做爱导致感染衣原体、支原体。症状有尿道痒、尿道疼痛，尿道口有稀薄的分泌液。对于男性非淋尿道炎，去正规医院配点的抗菌药物，治疗是七到十天。治疗期间建议不要做爱，减少夫妻双方交叉感染的机会。
非淋球菌性尿道炎主要是感染了淋球菌以外的病原体，引起泌尿生殖系统的黏膜的炎症，主要是衣原体、支原体等。其临床表现主要表现一些尿道的刺激征状，如尿频、尿急、尿痛等尿路的刺激征状。
它的主要临床症状是，会有尿不适，如尿频、尿急、尿痛，尿道瘙痒，灼热，有乳白色分泌物等。尿道分泌物为浆液性或黏液脓性，较稀薄且量少。而且早晨起来尿道口会被糊住，内裤有白色的分泌物。
非淋菌性尿道炎是可以治愈。
非淋菌性尿道炎为淋球菌以外其他病原体感染导致的尿道炎，一般是通过性传播传染的。主要治疗方法有一般治疗或者药物治疗。在治疗期间，应该尽量避免性接触，多喝水，保证充足的尿量。或者是进行药物治疗，因为个体存在一定的差异，建议在医生的指导下使用合适的药物。常用药物有四环素、多西环素等四环素类抗生素进行抗菌治疗。
