卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
左卵巢巧克力囊肿不是太好治疗。药物治疗效果不佳，有手术指征，建议行腹腔镜下卵巢囊肿剔除术，若病理检查确诊是巧克力囊肿，术后还须服用一些激素的半年预防复发。平时饮食上也要多注意。
有卵巢巧克力囊肿是一种妇科内分泌疾病，表现为月经周期不规律、不孕、多毛或痤疮，应该积极进行锻炼，多喝热水，减少高脂肪、高糖食物的摄取，降低体重，促使雄激素水平下降。
卵巢巧克力囊肿主要是手术治疗，术后因为卵巢囊肿具有复发性，所以如果计划怀孕，尽快准备怀孕。否则一旦巧克力囊肿复发，会导致不孕不育的可能。没有计划怀孕者在术后可以用药物治疗，连续用药3个月到半年的时间，避免巧克力囊肿复发。另外，也可以上宫内节育器，主要是可以导致子宫内膜萎缩。这样在临床上导致闭经的情况，也会抑制巧克力囊肿的复发。
超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
卵巢内有巧克力囊肿需要及时到医院进行手术治疗。巧克力囊肿是肿块，不是肿瘤，是子宫内膜异位症，主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流，如果散落到卵巢上，就形成了巧克力囊肿。
