月经期间卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
患者可以在月经结束后采用手术的方式进行治疗，临床上手术主要有卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。另一种是输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
如果囊肿比较大需要在月经干净3到7天住院手术。如果没有超过五厘米的，可以用短效避孕药调理两个月再复查。如果囊肿比较小，可能问题不大，定期复查。如果有痛经，有可能不是单纯的卵巢囊肿，可能是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症的一种，容易引起痛经的，囊肿伴有出血腹痛的也需要排除怀孕需要用早孕试纸测试。
治疗卵巢囊肿的药物大部分都是活血化瘀的中成药，是不能月经期服用的，因为服用有可能会导致月经期延长，月经量增多出现月经不调的。月经干净后的三到五天按疗程规律用药治疗。
卵巢囊肿常常提示为卵巢的炎症导致，如果炎症加重的话，卵巢囊肿会增大，另外月经期间，因为盆腔充血，有可能体积会略有改变，导致月经不调，有的女性会出现月经量增多或者月经量减少等表现，你现在月经量变得很多，颜色鲜红色与患有卵巢囊肿疾病是有直接的关系，积极对卵巢囊肿进行治疗，先确定囊肿的大小，再采取下一步治疗方案。
腹腔囊肿是腹腔脏器或组织病变，产生渗出液被完整包膜包裹而形成。是良性病变，主要可能对周围组织产生压迫症状，如果囊肿不是很大，一般没有临床症状，且生长速度较慢，一般不超过5cm，无需处理，可定期复查超声，如果囊肿大于5cm或对周围组织、器官产生压迫症状，应考虑手术切除。所以腹腔囊肿不是很严重，不必过分担心。
子宫颈囊肿通常不会导致痛经。宫颈囊肿是由慢性宫颈炎症导致宫颈局部腺管阻塞，从而形成的囊肿。宫颈属于植物神经支配，没有痛觉。痛经主要是子宫内膜剥脱过程中大量产生前列腺素，导致子宫平滑肌收缩，从而有下腹疼痛的症状。月经期盆腔慢性炎症会充血，加重水肿状态导致痛经。来月经时子宫内膜异位症也会导致出血，造成下腹疼痛。子宫畸形发育也会导致痛经。痛经跟子宫颈囊肿并无关系。
