接种乙脑疫苗几乎没有什么副反应，个别的孩子会出现两天以内的轻微的发热的症状，均在38℃以下。此外七岁以上的孩子儿童如果是需要加强接种的时候，接种的部位可能会出现红肿，偶尔也有血管性的水肿和过敏性的休克，发生在注射后的10-30分钟。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
疫苗接种前注意宝宝免疫抵抗力要好，近期没有感冒、发烧、过敏、腹泻、疱疹等系列疾病，患先天性免疫缺陷疾病、心脏病、肾炎、肝炎等不宜接种。接种后半小时留观，一天内不要洗澡，回家多喝水加速新陈代谢，接种的地方若出现硬结，不要过分担心，采用温湿毛巾热敷效果不错。
第1个是发热，乙脑疫苗接种后发热的概率还是蛮高的，大概在10%左右，一般多是中低热，持续2-3天；第2个是过敏，可以引起皮疹、瘙痒等第。3个是引起胃肠道症状，可以引起纳差、腹痛、腹胀、呕吐、腹泻；第4个可以引起类感冒样症状，包括鼻塞、流鼻涕、咽痛等症状。除此之外，乙脑疫苗还有一些罕见的不良反应，包括白细胞的减少、淋巴结的肿大、过敏性紫癜等。
国疫苗类的制剂都是生物制剂，所以注射后是会出现发烧、过敏等副作用的，宝宝的体温超过三十八度五口服药物控制体温，但如果持续时间长或口服退烧药物无法控制体温，再去检查。
乙脑减毒活疫苗不良反应发生率比较低。主要表现为局部反应和全身症状。接种部位在上臂外侧三角肌下缘，皮下注射，可以引起该部位局部红肿，硬结，疼痛，一般症状较轻，用温毛巾局部热敷后1-2天，可以消失。
