全身不良反应:常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心;偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常(活动减少/增多)口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷。三岁以下的孩子不能打甲流疫苗。
以下人员不适合接种甲流疫苗：对鸡蛋或疫苗中任何其他成分（包括辅料、相关药物、裂解液等），特别是卵清蛋白过敏者；患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发病期、感冒和发热者；格林巴利综合症病人；未控制的癫痫和患其他进行性神经系统疾病者；严重过敏体质者，对相关药物过敏者；年龄小于3岁者。以上6个人群，医生认为不适合接种甲流疫苗。
甲型H1N1流感疫苗的禁忌证为患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发作期，甲流疫苗和乙肝之间没有关联只要肝功和DAN正常稳定，是可以打甲流疫苗的，但是如果乙肝病毒携带者处于急性发作期或者程度较严重则应禁止接种，体内虽然有病毒，但是并没有损伤自身的肝脏细胞，所以也是和病毒，属于和平共处的，接种的甲流疫苗，也仅仅是预防同价效的甲型流感病毒。
如果小儿处在发热等身体欠佳的状态下，暂时不要接种这种疫苗。等身体完全康复后才可以接种这种疫苗，一定要在接种后注意观察，出现什么状况，有时候还会发出现发热的情况。
疱疹疫苗接种不能预防生殖器疱疹。疱疹疫苗主要是预防带状疱疹，中老年人的抵抗力和免疫力下降，感染带状疱疹病毒的人非常多，增加治疗成本及病人痛苦，发病早期不容易引起注意，有常识的人能够早发现早治疗，病毒感染早期得到控制。很多病人意识不到感染带状疱疹病毒，延误诊断和治疗时间，使病情加重，病毒侵害到神经系统，痛苦难受，治疗不彻底还会留有后遗症。
流感疫苗接种后，出现咽喉疼痛症状，与疫苗没有明显的关系，由于人体感染了病毒，很容易出现咽喉疼痛。会出现严重的温升情况，吃抗病毒药物可以用来治疗疾病，平时要注意观察咳嗽和痰的症状。
