巧克力囊肿属于子宫内膜卵巢异位症的一种，所以要挂妇科诊疗。痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症造成的，有活性的子宫内膜种植在卵巢上，随着月经周期的变化而变化，但是增殖脱落的子宫内膜和血排不出来，久而久之就形成脓肿。会出现不孕，痛经为主要症状。
巧克力囊肿最主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产也可引起，输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。内分泌因素、炎症因素（患有盆腔炎等疾病并且出现了盆腔粘连的情况，没有得到及时地治疗，造成大量的积血淤积）子宫内膜因素（脱落的子宫内膜随经血逆流进入腹腔）压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因，治疗该病一般选择手术治疗，术后配合药物治疗。
年轻的女性在还没有结婚的年龄就会发现有巧克力囊肿。做了手术1-2年以后，病人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿一般是由子宫内膜异位引起，导致月经逆流到盆腔，形成陈旧的淤血肿块。一般伴有月经不调，淋漓不尽，痛经，性交痛以及不孕等。临床上针对比较小的囊肿可采取药物保守治疗，中西医结合比较好。针对比较大的囊肿要采取手术切除。
