根据病情选择支气管镜下取石，或者是手术切除的方法。对于不伴有肺实质损伤的，可以首选支气管镜下取石，微创的并发症较小。对于反复出现肺部感染，以及反复大量咯血以及肺脓肿的，可以选择手术切除的方法。
临床主要以肺结核以及组织胞浆菌形成的支气管结石最为常见，还包括真菌以及矽肺、寄生虫、异物被吸入等有密切关系。对于无症状或者症状比较轻微的患者，可以定期随访。有明显临床症状，可以根据病情选择支气管镜下取石，或者是手术切除的方法。对于不伴有肺实质损伤的患者，可以首选支气管镜下取石，微创的并发症较小。对于反复出现肺部感染，以及反复大量咯血以及肺脓肿的患者，可以选择手术切除的方法。
肺结石是一种肺部结石的疾病。这种病有遗传的因素，而且是一种很难治愈的疾病，如果得了肺结石最终可能还会通过肺移植的方式来治疗。因为目前的科学上面没有针对肺结石的特效药物以及治疗方法。通常病人在得了肺结石之后，就会出现呼吸困难以及气短胸闷的情况。
肺结石没有影响到肺功能就不严重不需要担心。支气管肺结石具有明显的遗传倾向，通常没有明显症状，如果压迫支气管道可能会出现呼吸不畅等症状。出现严重并发症可以选择支气管镜下取石或者外科的方法手术切除结石。
对于肾脏结石能否进行碎石，需要结合患者的情况进行详细的检查，主要有：体外震波碎石和外科碎石。
如果患者的结石很小，例如肾结石，直径在6mm以内，那么大多数患者都不会用到碎石，一般情况下，6mm以内的结石都能自行清除。结石的大小超过6mm，小于2cm，通常情况下，阻塞并不是很严重，可以采用体外碎石术进行处理，排除体内的结石；而结石的大小超过2公分，结石堵塞程度较高，则需采用外科碎石。
肾结石可造成肾脏水肿，使肾脏的皮质变得稀疏，使肾脏的功能发生变化，从而使肌酐增高，如果是因为两个肾脏结石造成的两个肾脏积水，不及时治疗，可能会出现肾衰竭。如果发生了肾脏衰竭，通常需要进行血液透析或者是换肾脏。故对肾病的病人，要经常做尿路彩超和腹部CT检查，以判断肾脏的损害。肾脏的损伤可以根据肾脏的皮层厚度来判定。如果是肾结石，需要进行外科治疗，如果发生了肾功能不全，甚至需要手术切除。肾脏也有可能无法修复，需要尽早进行外科治疗。
