最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。
这种药物是由氨基葡萄糖以及硫酸软骨素钙两种药物结合而成。这些药物能够促进关节软骨的再生，减少关节软骨的损伤，促进关节软骨分泌关节滑液，并且能够有效的消除引起局部疼痛的炎症致病因子，从而有效的缓解膝关节以及全身多处关节的骨性关节炎症。
软骨素主要是提取自动物软骨，主要是硫酸软骨素和氨基葡萄糖，而钙片的主要成分就是单纯的钙和维生素；其次是功效不同，软骨素主要是促使软骨组织生成，而钙片主要就是为了补钙，虽然软骨素中也含有一定量的植物钙但人体并不容易吸收。
氨基葡萄糖软骨素的作用与功效，主要是对关节的保护和治疗，这两种药物混合在一起使用，会使膝关节内的关节液生成量逐渐增加，并且黏稠度逐渐增加，使关节软骨的保护作用更强。另外，可以使关节面的软骨变厚，生长更为旺盛，同时还可以抑制破坏软骨的酶活性，保护膝关节软骨面的完整性，而且有一定程度修复膝关节软骨面的能力。
软骨素对退行性关节炎是有效的，经过大量的研究证明，软骨素可经由口服而达到补充关节软组织结构的效果，另外得到医生的认可。临床上服用软骨素可以有效的改善关节炎的疼痛和一些发炎现象，同时具有延缓关节老化的作用。对于有这方面的疾病的人来说是可以使用的。效果挺好。
硫酸软骨素和盐酸软骨素都属于保健品类别，其用于改善骨密度。不仅可以补充软骨素，还可以改善骨骼和关节活动。多用硫酸软骨素，主要是因为硫酸软骨素比盐酸软骨素更容易吸收，吸收的更好一些。
