口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
经常口腔溃疡多是微量元素及维生素缺乏导致的，维生素摄入不足、免疫力低下有一定的关系，可以口服些抗炎药，口腔溃疡期间注意保持口腔清洁，常用淡盐水漱口生活起居有规律，保证充足的睡眠。
用消毒棉签蘸粉末敷患处，一般用药3天后恢复，将维生素C研成粉末状，若系小溃疡，仅需取少许敷于患处即可，若溃疡面较大，则应先轻轻刮除溃疡面渗出物，然后再敷药粉，用针刺破维生素E，将药液挤出涂于口腔溃疡处，保留1分钟，每日用药4次可恢复。
顽固性口腔溃疡现在的病因不明确，比较主流的观点是因为人体的免疫力发生紊乱，使得口腔粘膜变得容易发生损伤。再加上口腔黏膜咬破了，或者是进食过多刺激性食物，都可能引发口腔溃疡。所以，单纯说口腔溃疡的是因为维生素缺乏，或者是上火，都是不合适。
口腔溃疡严重的可能会影响身体其他免疫功能，甚至整个身体的免疫功能，口腔溃疡应该早期进行治疗，口腔溃疡饮食多以清淡为主，多吃流质食物，忌食辛辣刺激性食物，以免加重病症。
复发性口腔溃疡主要是由于肝郁气滞，郁热化火，心火炽盛，胃火上攻而发病。与遗传、免疫、系统性疾病如胃溃疡、结肠炎、消化不良、精神因素有关。平常应该注意保持口腔清洁，常用淡盐水漱口。
