一般情况下，小孩吃肠虫清有副作用。
孩吃肠虫清大多没有什么严重的不良反应，少数病例有轻度的头痛、头晕、恶心、呕吐、腹泻、口干、乏力等不良反应，是不需要处理的，它是可以自行的消失的，一般不需要特殊治疗，家长平时需要注意宝宝的饮食，均衡营养，同时还需适当带宝宝出门活动，能够促进宝宝身体的新陈代谢，让宝宝更快的生长发育。
两岁以上的儿童晚上服用2片。两岁以上的儿童单纯蛲虫、单纯轻度蛔虫感染，晚上服用1片，顿服。小于两岁的小儿禁用，严重肝肾、心功能不全和活动性溃疡病患者禁用；服用后可有的部分孩子可能会出现恶心、呕吐、腹泻、口干乏力、发热、皮疹、头痛，停药以后可自行消失。治疗蛔虫病史，偶见口吐蛔虫的现象。服用肠虫清时晚上不要吃油腻的食物。
吃完肠虫清后并没有什么反应，大多数服用肠虫清后几小时会有驱虫效果，也有少数可能在一周左右才会有驱虫效果出现。一少部分服药以后会出现轻度头晕，头痛，恶心，腹泻，乏力，口干等症状，这是药物的不良反应。
肠虫清的剂量却规定是两岁以上的儿童都一次服两片。这是因为肠虫清口服后有95％不被人体吸收，24小时内即随粪便排出体外。被吸收的5％会在肝脏内通过代谢后杀灭组织内的幼虫、肠道内的成虫和虫卵，并在48小时内随尿液排出体外。由此可知，肠虫清是一种吸收少、不易在体内蓄积的药物。应用时，往往采用单剂量一次顿服，不需要按体重计算剂量，成人与两岁以上的小儿剂量一样。
所有的打虫药都是弱毒性，没有确诊有虫前不要轻易服用。
小孩肚子疼的原因可能是：肠痉挛、肠系膜淋巴结炎等。建议及时就医明确病因再用药治疗。着凉腹痛是一过性的，腹子内有气，轻轻拍动有鼓声。建议检查腹部浅表超声，看肠系膜淋巴结是否异常。不让孩子脚部、腹部着凉，不吃生冷的食物，贴暖气贴。检查粪便，若有虫卵再打虫。
一般情况下，不管是否有肠道寄生虫，正常使用肠虫清，对人体几乎没有什么影响，会有一点点腹痛，大便性状还可能出现一点不正常，应该注意观察，通常两天后都不会有什么毛病。如果发现孩子的肚子里有虫体，一定要及时进行驱虫治疗。最近应加强对小孩子大便中有无蛔虫卵或蛔虫的观察。
此外，小孩吃肠虫清后应该合理饮食，避免进食油腻、辛辣的食物。
