口腔囊肿以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。
囊肿是先天性的发育和形成，大多数囊肿从儿童时期就已存在。只要检查囊肿不是特别大，不会对健康有太大影响。因此，不需要太担心，也不需要特殊治疗。可以在平时继续观察，并定期复习。然而，如果囊肿特别大或继续生长超过5厘米，可以进行外科治疗，因为通过药物治疗来治疗囊肿是无用的。
口腔囊肿可以洗牙，配合抗病毒药物治疗，严重时可以进行手术切除。口腔囊肿通常分为根尖周囊肿，含牙囊肿，以及牙源性角化囊肿。范围小的根尖周囊肿，可以在牙齿做完根管治疗后，进行囊肿的搔刮术，把囊肿清理出来。
以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。口腔小粘液腺囊肿是由于粘液排泄管破裂，粘液外渗入组织间隙所致，或者是由微小肿瘤等造成粘膜腺体排泄管部分堵塞，分泌物储留于腺体内而形成。
口腔粘液囊肿，可以进行手术切开，挤出脓液，也可以采用硬化剂注射或者冷冻激光治疗。在平常的时候要注意口腔卫生，饭前饭后要勤漱口。时注意饮食调理，清淡饮食，不要多食口味较辣等刺激性食物，吃营养丰富，易消化的饮食。
早期发现时可先观察避免挤压，有些囊肿可自行消退，无需处理。如无法消退则以手术切除为主要手段，将囊肿及周围手术区域内的小腺体一并切除，但缝合时仍可能将周围腺体的导管阻塞再次形成囊肿。
