脑干出血如果相对症状比较轻微，仅仅有头痛、恶心、呕吐的症状，并且出血量相对较小，大约在5ml左右，没有产生明显的其他伴随症状，瞳孔以及呼吸、心跳这些节律都没有变化，可以通过药物的方式进行医治。
脑干出血会复发，因为脑干出血是由于高血压、脑动脉硬化而造成突然的血管的压力增高、破裂出血，所以高血压是脑干出血的最常见的病因。另外也可以见于动静脉畸形或动脉瘤，如果有高血压病、脑动脉硬化就必须长期控制好血压，改善动脉硬化，降脂、软化血管等一系列治疗方能避免脑干再次出血。
脑干出血是临床上比较严重的一种急危重症，如果出血量稍有增加，病人常在出血后短时间内出现深昏迷，甚至危及呼吸和心跳，需要尽快采取呼吸机辅助呼吸，甚至病人治疗时机，是在出血发生后立刻在有资质的医院进行积极抢救。对于一部分出血量中等，出血接近脑干表面的病人，有时可以尝试进行手术清除血肿，对功能恢复或有一定的帮助。
尽量选择比较安静，阳光充裕的环境，同时可以给患者适当的使用软化大便的药物，以帮助顺利排便，有明显的精神症状，可以考虑使用一些抗焦虑，抗抑郁的药物来进行治疗。
脑干出血的康复治疗，可以坐在凳子和椅子上，在家属的帮助下做抬腿、伸腿和物体支撑站立，身体左右移动，蹲下等活动，运动时，应刻意使患肢负重，但应注意活动量应逐渐增加，时间不宜过度疲劳。
脑干出血后期恢复时间不超过一年，这种病需要加强功能锻炼，包括主动和被动的功能锻炼，应该功能还会有一定的恢复，如果要完全恢复正常应该是很困难的。主要还是加强功能锻炼，促进恢复。