一般情况下，脚指甲长在肉里面、化脓可以通过药物治疗、手术治疗等方式加以改善。具体内容如下：
1.药物治疗：脚指甲长在肉里面、化脓，患者可以在医生的指导下，使用醋酸氯己定溶液、氯己定溶液等药物对患处进行清洗、消毒，还可以局部外用一定浓度的鱼石脂软膏、金黄散等药物进行治疗，起到消肿、止痛的效果。
2.手术治疗：脚指甲长在肉里面、化脓，患者还可以前往正规医院通过手术的方式切开引流脓液，必要时还可采取拔甲术进行治疗。
可能是由于脚趾甲比较长没有修剪，然后长到肉里面去，而导致局部有感染引起的甲沟炎，并且还会出现有化脓，首先注意局部皮肤的清洁卫生，应该用双氧水清洗，也可以吃点止痛药缓解，严重得去医院处理。
可能得的是嵌甲，可以做个小手术，把指甲旁边的一小块肉去掉，然后把甲根生发层进行处理，使得指甲旁边不再长出新的指甲，从而达到治疗的目的。这是一个非常小的手术，手术效果很好。
指甲长进肉里疼，应该是甲沟炎的原因，这与一直剪趾甲太短有一定的关系，近一段时间注意尽量减少活动，局部用碘伏涂擦消毒，涂抹红霉素软膏，口服几天消炎药物治疗。如果想彻底根除，需要到医院骨科手术切除部分趾甲及甲床。
脚指甲往肉里长，在医学上称为嵌甲，一般嵌甲如果得不到有效控制的话都会造成甲沟炎的发生。一旦形成甲沟炎治疗起来非常麻烦，严重还要进行拔甲治疗。所以控制嵌甲首先要注意剪指甲不要剪得过短，更不要往侧面甲床方向剪指甲，要平齐剪。
脚趾甲长到肉里面，时间长了会刺激形成甲沟炎，会比较疼痛不方便。患者可以每天用盐水泡脚，然后用个干净的小刀片把长肉里面的部分往外拨弄，一次应该是不行，要多坚持段时间等指甲长长了，超过这一块肉，也就没事了，注意别弄伤了，鞋子要穿宽松些的。