如果能自行在家留取大便标本，就不需要住院，但最好在排便后1小时以内送检化验，这样相对比较准确，因此建议家长提前开好化验单交好费，这样就更容易在孩子排便后尽快送检。
宝宝大便常规检查，可以检查出来是否有肠炎、真菌感染、肠道寄生虫以及消化不良等疾病。做大便常规检查，主要是看大便的性状、白细胞、红细胞、细菌分类：有没有霉菌、真菌、有没有虫卵、有没有便潜血以及轮状病毒等。
三个月的宝宝有肠炎要注意个人卫生，益生菌坚持服用，腹部保暖，少食多餐，奶瓶等要每天消毒肠炎的现象和孩子饮食等都是有关系的，平时要注意一些的大人有腹泻等现象，是不可以给孩子母乳的，再一个平时也要勤洗手的。
小孩消化不良造成的，可以给孩子增加一些益生菌，调整肠道菌群，并能产生乳酸、醋酸，改变肠内环境，有利于肠道营养吸收。日常合理饮食，多饮水，注意休息，避免不良刺激，过几天就可好转。
三个月宝宝消化不良可以采取药物治疗和物理治疗。
家长可以给三个月宝宝应用山楂或者麦芽给孩子熬水喝，从而可以起到消食、助消化的作用。其次是给三个月宝宝按摩，可以按揉儿中脘穴，中脘穴位于肚脐眼向上4寸的部位。可以用中指点揉中脘穴，从而起到良好的助消化作用。此外是给三个月宝宝服用消食化积的中成药，比如小儿消积止咳口服液。
大便常规正常也可能有结肠炎，可以去肛肠科检查诊断，做肠镜看有没有炎症或者溃疡之类的病变。肠炎是细菌、病毒、真菌和寄生虫等引起的小肠炎和结肠炎，主要表现为恶心、呕吐、腹泻，当发展为慢性肠炎时可出现长期慢性、或反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等症，严重可有黏液便或水样便。治疗以止泻、防治电解质紊乱等药物为主，必要时可使用抗感染的药物。
