脑干出血一旦发生后，需要立即就医，并入住神经外科重症监护室。如果脑干出血量比较小，可以予以保守治疗。保守治疗主要包括动态监测患者生命体征、积极控制血压、动态复查头部CT，同时使用脱水降颅压药物、护胃药物及预防下肢深静脉血栓的药物等。
若是由于长期的高血压导致的动脉破裂，导致出现了脑干出血，可以出现明显的饮水呛咳，吞咽困难，四肢瘫痪，甚至可以出现昏迷，呼吸心跳停止的情况。那死亡率非常高，致残率也很高，完全治好的可能性比较小。若是由于海绵状血管瘤引起的脑出血，脑干出血对脑干的损伤不大，可能遗留的后遗症比较轻微，致残率和死亡率比较低。
脑干主要是循环和呼吸中枢，如果出现出血的情况，一定要看看出血部位以及出血量的多少，如果比较多的情况下，很容易出现生命危险。病人很容易出现呼吸循环衰竭的现象。如果比较小的情况下，可以通过采取保守治疗的办法得到缓解。但是如果做手术非常危险，一般不做手术。不宜长途运送及过多搬动，以免加重出血；保持呼吸道通畅，随时吸除口腔分泌物或呕吐物。控制脑水肿，降低颅内压。
脑干出血昏迷是一种比较常见的临床症状，首先要做头部ct检查，确定脑干出血的位置和出血量，如果出现脑干出血出了脑室，必须立即进行手术，避免出现脑脊液循环堵塞，出现急性脑积水。
所以，在这种情况下，病人必须立即进行脑室外引流术。还要检查呼吸情况，脑干出血会影响呼吸的功能和呼吸节律，如果呼吸节律缓慢，或者是表浅，需要立即进行气管插管，同时使用呼吸机进行呼吸，保证基本的氧气供应。
脑干出血最佳治疗时间在三月。脑干出血是由于脑干小血管破裂，或脑出血灶延伸至脑干引起。常见病因有高血压合并小动脉硬化、动脉瘤破裂，以及动静脉畸形、淀粉样脑血管病、血管炎、瘤卒中等。导致严重的神经系统损害。