脑干梗塞会引起头晕，或者进食饮水呛咳或者肢体活动不灵、肢体麻木等症状。治疗方面与普通的脑梗塞治疗方案都一样，急性期需要输液治疗，使用改善脑部循环，营养脑神经，疏通经络的药物。
脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
脑干梗塞重度昏迷可能会导致严重的后果，使病人出现呼吸衰竭而死、意识不强等。需要立即送到ICU进行严密的监护和维持，并对其进行气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸。在药物方面，可加强脱水，降低脑内压力，减轻脑干水肿。对符合要求的患者行消融栓塞，无溶栓的患者行微循环、促进侧支循环、抗血小板聚集等措施。可以口服纳洛酮、醒脑宁等药物，如果出现高烧，可以使用冰帽进行物理治疗。对多种复杂的疾病进行治疗，保持器官的正常运作。
脑干阻塞是指脑干梗死，是一种比较严重的脑梗死，需要从以下几个方面进行康复训练：
1、肢体功能恢复：电刺激疗法、体育疗法、运动疗法、加压疗法等都是比较常见的治疗方式。在条件许可的情况下，应尽早下床进行肌力训练、站立训练、步行训练和适当的关节锻炼。
2、认知障碍的康复：包括注意力训练、记忆训练、思维训练等，包括简单的分析、判断、推理等训练。
3、语言障碍的康复：主要针对的是语言障碍，比如口面部肌肉的发音模仿训练，比如听、读、写等。
