有四种可能，指甲营养不良，甲真菌病，外伤后或者某些皮肤病的甲改变。去医院就诊，先进行全身检查看是否伴有其他部位的皮肤损害，如若没有，进行甲屑真菌检查，排查灰指甲后，考虑甲营养不良可能性大，可以进一步完善微量元素检查，针对性补充微量元素。
指甲凹凸不平，要看是单独某个指甲还是很多指甲都有，单独一个指甲有这种凹凸不平，往往要看是否有反复的机械刺激，比如反复的抠指甲，按压指甲等不良习惯。很多指甲都有凹凸不平现象，提示是有甲营养不良，多数和缺乏微量元素，比如缺钙缺血缺锌有关系。去医院挂皮肤科，查个微量元素。
指甲盖凹凸不平可能是营养不良、湿疹、甲癣等原因导致的。
1.营养不良：营养不良可能会导致缺乏微量元素，影响甲母质的正常供给，从而使指甲的合成甲板产生不规则的形状。
2.湿疹：如果有湿疹，可能会导致炎症性病变，造成指甲盖凹凸不平。
3.甲癣：抵抗力低下可能会导致指甲缺乏免疫功能，容易被真菌感染，引起甲癣，造成指甲出现病变，导致指甲盖凹凸不平。
一般情况下，大拇指甲盖凹凸不平可能是缺钙、甲癣等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：如果患者存在营养不足的情况，体内可能会缺钙，可能会对指甲的生长造成一定的影响，可能出现大拇指甲盖凹凸不平的情况。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗。
2.甲癣：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者大拇指甲盖凹凸不平，还可能变脆、发黄。患者应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬软膏等进行治疗，以免病情进一步发展。
肝癌患者早期时，指甲可能发生一些变化，比如指甲脱屑或者颜色变暗，变黄，指甲床进行性凹陷等症状，都可能与肝癌发生时体内的营养物质缺乏，造成贫血以及微量元素缺乏有关系。
灰指甲具有一定的传染性。这也是很多人烦恼此症的原因。一个传染俩，为了避免越来越多的指甲被传染，需要做好防护措施，平时多消毒，民间可以用醋涂抹，具有一定的作用。手术拔甲：在局部麻醉下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。但是心脏病高血压、糖尿病等的病人，不宜手术治疗。
