肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
原则主要就是恢复窦性心率，控制快速的心室率，不能够恢复窦性心率可以用药物来减慢心率。及时抗凝治疗，预防血栓的形成，预防脑卒中。对于甲状腺功能亢进、急性酒精中毒、药物所导致的房颤，驱除病因以后房颤能够自行消失。
如果是还未到分娩期，出现了宫缩，使用药物进行解经，抑制宫缩等治疗，如果应用了这些药物宫缩还是不可避免，而且出现了规律宫缩，会发生流产或者是早产，可以住院治疗。
有可能属于痔疮脱出或者是直肠脱垂现象。痔疮脱出后在肛门口可以看到梅花瓣样的肉块儿，直肠脱垂属于套叠形状的黏膜突出。如果属于痔疮时，轻症可以保守治疗，严重时需要手术。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
