先天性并指多指畸形的治疗方法有如下几种：
一、手术
如果患者无法站立或行走异常，则可以通过手术来进行治疗。
1、表皮：采用“Z”形的方法，将剩余的手指（趾）组织起来，用来覆盖分开的并指，当骨头并连的时候，将其连接起来，并连在一起，一边被肌腱下的皮的时候，再进行侧副韧带的修复。
2、平衡肌力：严重并指多指，由于有内部肌指头的异常，所以要进行肌腱止点再造。
3、调整骨力线：指骨力线不正常时应进行截骨，某些重度多指并指畸形中有三节拇、纵向括弧骨等结构，应进行截骨，以纠正力线。
二、其他治疗
手术后疤痕疙瘩应及早介入治疗，疤痕疙瘩是由于术后皮肤受损，导致的胶原蛋白过多而导致的一种真、原形态，呈现肿块状浸润，在医学上称为“良性真皮瘤”。
1、瘢痕注入：采用5-氟尿嘧啶及类固醇等在瘢痕部位进行局部注射。结，应用低浓度的甲基喋呤配合叶酸能明显地阻止疤痕组织的增殖，如果有明显的疤痕增殖迹象，应尽早进行治疗。
2、光电治疗：主要是激光和其它治疗方法，强脉冲激光和595nm脉冲色素激光具有吸收血红蛋能降低疤痕的供血和去红的效果，适合于肥胖的增生性疤痕或者疤痕疙瘩。
3、光纤治疗：将纤维引入疤痕的内侧，可通过光热法的直接效应，达到促进疤痕愈合的目的。
4、压力治疗：压力治疗应该在手术后尽早进行，给予手指上的压力可以减轻脚跟外侧旋转。
先天性并指多指畸形需要把手指分开，剩下的指骨就会被切掉。
这种疾病通常是由软组织连接而成，只在基部的基底，与其他关节相邻，而不是共同的。这样的话，切除起来就容易多了。有些手指多并指，是指骨有翘融合，这个是一种比较复杂的现象，通常可以将多余的指骨去掉，然后将另一根手指的指骨分开，这样会对正常的关节造成一定的损伤。
一般情况下，并指多指畸形不需要植皮，但如果是并指畸形，则需要进行植皮。
小儿患有多指畸形要尽早到综合医院骨科、整形外科、专业的手术外科就诊。
让专科医师判断多指畸形类型和严重程度，确定治疗的最佳时机和手术方式。患儿多指畸形，手术时机一般在半岁后。小儿半岁前对麻醉的耐受能力较差，且手指过于纤细，神经血管肌腱解剖没有半岁后清晰。手术方式以切除为主，复杂的多指要采取两个手指合并的方式，恢复手指大小和功能。
先天性多指畸形需要采取物理治疗和手术治疗。
对于先天多指畸形的儿童，在六个月之前，要注意对主指和多指相邻的手指进行适当的牵引和按摩，以确保主指的正常发育，如果超过了六个月，可以做多指切除手术，也可以做主指的整形手术。儿童在六个月后，手指的神经、血管、肌腱、结构比较清楚，可以采用多指切除，多指与主指各切除一部分，将两根手指合为一根手指。
多指畸形可以在几个星期或几个月内得到康复。
一、药物疗法
目前尚无有效的药物。
二、手术治疗
1.手术原则：手术治疗多指畸形不但要达到美观，而且要恢复手的功能。多指的外科切除并不是很难，但是要综合考虑多生手指的外形、位置、结构、与正常手指的关系，综合X线片综合考虑，确定多指的切除位置和方法。单纯多指多指手术和局部皮肤整形；复杂多指除多指外，尚须全部或部分切除。手掌的手术需要根据患者的手部形态和功能恢复情况来决定。除多指外，还需进行关节、骨骼畸形矫正、韧带修补、皮肤整形等。
2.手术时机：只需用细长的皮蒂连接到正常的手指，只需简单地摘除，在出生后就可以进行；对于单纯多指，尤其是尺侧多指，3~6月时最好行外科手术；对于有严重畸形和组织缺损的多指，可以采用显微外科技术，在1周岁后施行多指切除、组织移植、移位等手术，并定期复查，直到其发育终止。1岁以上的手掌和指骨截骨矫正；3岁以上儿童为佳，掌长肌腱移位较好。
3.手术方案：由于手指的解剖结构差异很大，所以其治疗往往要比想象中的复杂，单纯的切除往往会带来畸形，关节不稳定，甚至出现功能障碍，所以需要视具体情况而定。原则上，保留功能良好、外观正常的拇指。当多指有重要的神经血管束时，要注意将其分开，避免损伤，并保留；如果存在主要的肌腱或内部肌的止点，则必须将其移至相应的保持大拇指的位置。在手术中，为了保持大拇指关节囊和关节囊的稳定性，需要在手术中保存多指关节囊和韧带。如果保留的大拇指过度倾斜，则需要在骨骺发育基本停止后进行关节融合或截骨术。
4.手术注意事项：多指切除手术要注意彻底切除，以免留下的畸形会影响美观，因为多指手术一般都是在学前手术的时候，要注意不能损伤到骨骺，以免影响生长。
一般情况下，多指畸形会有单侧手指多于五个、曲棍球棒手、骨赘大量增生等症状表现。
1.单侧手指多于五个：多指畸形患者除了有正常手指以外，通常还会有其他赘生手指或手指的孪生畸形，一般单侧手指多于五个。
2.曲棍球棒手：多指畸形患者如果畸形的情况比较严重，手指偏曲，畸形的形状可能与曲棍球棒相似。
3.骨赘大量增生：多指畸形患者的多余手指上可能会出现大量骨赘增生，如指甲、骨关节、肌腱等。