首先是肾盂结石，治疗方法包括体外冲击波碎石、经皮肾镜超声碎石取石术等。其次是输尿管结石，治疗方法有体外冲击波碎石等。最后是膀胱结石，可以行经尿道膀胱结石激光或气压弹道碎石取石手术。
如果结石在六毫米以下，这时候可以采取保守治疗，通过口服排石药物来进行排石治疗。对于两厘米以内的结石，也可以需要做体外冲击波碎石，大于两厘米的结石就需要做尿道镜或者其他手术方式治疗。
尿结石疼痛的缓解可以采取抗炎、解痉、止痛、手术和碱化尿液等。尿结石疼痛有相当一部分原因是由感染引起，这时可以取尿液做中段尿液培养加药敏试验以及尿液分析。如果尿液分析提示有白细胞或者细菌，则提示存在细菌感染，一般可以根据药敏结果使用相应的抗生素治疗。如果是结石引发的严重梗阻，则需要行手术治疗。
对于尿路结石来说，一般最快的排石方法是通过手术取石来进行治疗。比如对于肾脏的结石，如果是多发的肾结石，或者体积较大的鹿角形结石，可以通过经皮肾镜手术，采用钬激光气压弹道或者采用超声等方式，将结石打碎，冲出体外，这种取石的方法快速有效。
结石疼痛大部分见于输尿管结石。输尿管结石引起疼痛主要是因为结石堵塞输尿管后引起输尿管痉挛，输尿管痉挛可引起急性剧烈疼痛，一般为绞痛，多合并有恶心，呕吐等症状。肾结石及膀胱结石，一般不会引起痉挛，所以疼痛较少见，如果有疼痛一般是隐痛，不会剧烈疼痛。
