如果口腔溃疡反复发生，首先排除是否患有系统性疾病，比如口-眼-生殖器综合征。如果不是系统性疾病，只是单纯的复发性口腔溃疡，可以不采取治疗措施，半个月也会自动愈合。如果在患有口腔溃疡的过程中，疼痛比较明显，局部红肿或者淋巴结已经肿大，需要采取辅助的治疗措施。
复发性口腔溃疡是用药草进行医治口腔溃疡的疗效较为确切，可以口腔内外用冰硼散，不要吃刺激性的食物和发物。去除致病因素，增强体质，促进溃疡愈合，注意口腔卫生，勤刷牙。
治疗复发性口腔溃疡采取全方位数字自动分析仪，口腔，细菌培养，免疫检查这些来明确病因，针对性的治疗的，主要是因为免疫失衡引起的，要从中医角度去提升自身免疫力，先要找准病因，然后再针对性对因施治。
造成溃疡的因素很多，精神压力大、经常有疲劳感、经常熬夜、或睡眠不足的人容易有溃疡。任何会引起免疫功能紊乱的因素，都可能诱发口腔溃疡。还有感染，比如细菌、病毒等微生物的感染，也是导致溃疡复发的重要原因。
复发性口腔溃疡又称复发性口疮或阿弗他口炎，与身体的免疫力下降有关，中医认为与寒热错杂，上热下寒有关，时注意休息不要熬夜，清淡饮食，少吃辛辣刺激及寒凉食物，多吃水果蔬菜。
反复发作的口腔溃疡这类溃疡在发病过程中，口腔可有大小不等椭圆形或圆形创口，且中部凹陷，被假膜覆盖，同时被红色晕带所包围，病人此时大都有较明显灼痛感，精神状态大多不太好。
在治疗上需要采用药物进行对症处理。反复发作的口腔溃疡是一种自限性疾病，病情通常持续约1周至半月后消失，在这段时间里，饮食是必须重视的。在日常护理过程中，应该根据自身情况和具体症状选择适当方法进行治疗。努力减少局部刺激，帮助溃疡自动痊愈。