引起腱鞘囊肿的原因有：
关节囊、韧带以及腱鞘的结蒂组织退变引起的疾病。或者是轻度外伤或劳损导致腱鞘变薄，引起关节腔内积液突出，形成腱鞘囊肿。腱鞘囊肿一般经保守治疗，预后较好，可以自行消退，且不再复发，部分患者还需要手术切除治疗。但是，如果患者后期继续从事手部工作时，很可能会导致腱鞘囊肿复发，所以需要注意休息。
鼻子上额有囊肿必须要做鼻内镜手术治疗。如果仅有鼻窦炎，到可以暂时保守治疗，但是伴有囊肿，用药保守治疗无效，所以必须手术治疗为好。鼻窦粘膜囊肿是常见的鼻腔疾病，囊肿是良性的，不会发生恶变，要及早治疗。
卵巢囊肿的病因并不是很清楚，可能有多方面的原因，有的是先天性的，有的与内分泌有关系等。另外，对于卵巢囊肿的治疗，药物治疗是没有作用，除非是手术治疗，但大多数很小的囊肿不需要治疗。不知道病人的囊肿大小，若是囊肿小于5cm，定期复查就可以。
卵巢囊肿与内分泌功能失调有关，体内的激素水平处于不正常的水平引起，需要检查内分泌的功能。平时注意多摄量蛋白质，补充微量元素，减少剧烈运动。已经形成的囊肿的病症，可以选用中药活血化瘀的药物口服治疗。
肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，可以为单侧或双侧，一个或多个，直径一般2cm左右，也有直径达10cm的囊肿，多发于男性。出现的腰部疼痛，可能和肾囊肿有直接的关系。如果囊肿较小，一般不需做什么特殊的治疗，如果肾囊肿超过5厘米，甚至是10厘米，对局部产生压迫症状，应该进行硬化或手术治疗。
松果体区的小型囊肿通常没有任何征兆，通常无需手术，但是需要经常进行检查。如果肿瘤体积增大，会对导管造成压力，导致阻塞性脑膜炎，可以行脑室-腹膜分流手术，以减轻其水肿。
此外，也可以在手术中应用松果体区囊肿-脑室造瘘术，对松果体区囊肿合并脑膜腔内窥镜下切除，既能减轻颅内水肿，也能消除病因，减少术后的并发症，效果良好。
