并非所有卵巢囊肿都需要进行手术治疗，一般只有较为严重的肿瘤可以进行囊肿切除术、卵巢切除术等方式进行治疗。
卵巢囊肿较轻时一般不用进行手术，主要是因为手术后容易复发，但如果症状较为严重，持续存在超过3个月，同时体积较大，或是生长速度较快。患者可以在医生指导下采用卵巢囊肿切除术，进行治疗。如果囊肿有恶变倾向，还需进行卵巢切除术或者附件切除术等方式进行治疗。
治疗女性卵巢囊肿一般采用手术切除的方式，但是多数病人不愿接受，因费用高、留伤口。切除后易在原来的部位复发或对侧又长出囊肿等缺点，不是恶性囊肿病人一般不会选择手术治疗。囊肿小于5cm。用中药丹桂消聚贴治疗可起到事半功倍的疗效。
一般来说，患有卵巢囊肿要做肿瘤标志物检查，主要是因为卵巢囊肿大部分属于妇科良性肿瘤，但是还要排除有恶性程度的可能性，所以通常最好做肿瘤标志物的化验检查。此外，如果患者是卵巢囊肿，同时伴有痛经的症状，通过肿瘤标志物检查，如果检查发现CA125出现轻度升高，就高度怀疑是否由于子宫内膜异位症引起的囊肿，通常可为临床上下一步的治疗提供可靠依据。
单侧卵巢囊肿腹腔镜手术治疗费用需要具体咨询就诊医院，医院级别不一样，肿块大小与周围组织关系不一样，住院用药不一样，治疗费用也不同，费用大概在一万到两万左右把。
如果是单纯性卵巢囊肿，通常用中药治疗。首先，应该进行全面的检查。根据检查结果、囊肿的大小和囊肿的位置，应进行选择方案。如果卵巢囊肿的直径小于5厘米且不是肿瘤，则大多是功能性囊肿，可以用中药治疗，密切随访，每2-3个月检查一次，然后根据情况调整检查间隔。
卵巢囊肿包括生理性的，或者是病理性的，那么一般生理性的卵巢囊肿直径大小不超于三公分，病理性的卵巢囊肿，一般直径大小大于五公分的时候就要考虑，腹腔镜下微创手术，应该注意及时治疗的。
