最主要就是使用抗病毒的药物，比如更昔洛韦或者使用抗病毒的免疫球蛋白制剂以及干扰素转移因子等。丙氧鸟苷有防止巨细胞病毒扩散的作用，如果与高滴度的抗巨细胞病毒免疫球蛋白合用，可以降低骨髓移植的巨细胞病毒肺炎并发症死亡率。
新生儿巨细胞病毒感染可以治好。由于大多数新生儿巨细胞在孩子有症状以后才能诊断出来，新生儿巨细胞病毒感染常常会出现并发症，比如出现早产、低出生体重以及黄疸、肝脾肿大，甚至会引起孩子智力低下、血小板减少等。
巨细胞病毒可以通过飞沫唾沫，尿液性接触感染，也可以通过乳汁分泌感染宝宝。检查巨细胞病毒是IgG阳性还是Igm阳性，如果是IgG阳性没有关系的。还有可以检查乳汁，如果乳汁中有病毒就不要喂奶了。
感染后可以没有症状，有的则可以有发热，出现严重的肝功异常，肝脾肿大等症状的，需要做血常规，肝功能，肾功能等检查来判断的，根据这些检查结果来判断病情，好做进一步治疗的，可以配合用阿昔洛韦等药物做抗病毒的。
宝宝出生以后有黄疸，有可能是由于先天的因素所造成的，也有可能是由于巨细胞的病毒所引起来的，如果是由于肌细胞的感染所引起来的反复性的肝炎，这个时候一方面要积极的进行保肝的治疗，预防肝损害的进一步发生，先天性感染常表现为肝脾肿大，一直不间断性黄疸，宝宝投机型皮肤一点等，而获得性感染着表无限为肝脾淋巴结肿大，气管炎和肺炎或者肝炎的。建议抓紧时间去正规的医院检查。
婴儿巨细胞病毒感染可能会好。
婴儿巨细胞病毒感染较为严重，致死率高，除流产、死产外，感染胎儿往往会导致胎儿先天畸形。在出生后，病情较重的人会在几天或几个星期之内死去；90%的生还者留下了诸如发育迟缓，智力障碍，运动障碍，癫痫，视力下降，听力障碍等。
因此，该病的防治工作尤其重要，由于传染源广泛，且多为隐性，其传播方式复杂，难以控制，并且易感普遍，因此防治工作的重点是疫苗的研制。
