亚急性甲状腺炎属于自限性疾病，病程在1到2个月就可以逐渐缓解，所以说在发病期的治疗主要是对症治疗为主，如果有疼痛可以服用一些止痛的药物；如果有发烧，可以服用一些退热的药物；如果伴有一些上呼吸道感染的症状，可以适当的服用一些抗病毒或者抗生素之类的药物。
亚甲炎是一种自身免疫性疾病，最常见于病毒感染，典型的症状包括发热，颈前部异常疼痛，检查血会发现甲状腺毒症和血沉升高，甲状腺显像会发现摄锝率明显减低。这个病不算严重，治疗也不算难治。
亚甲炎的治疗方法一般是使用适合的药物。
亚甲炎又称芽肿性甲状腺炎、巨细胞甲状腺炎、非感染性甲状腺炎、移行性甲状腺炎、病毒性甲状腺炎等。治疗亚甲炎要对症，施用受体阻滞剂，缓解甲亢症状，同时用非甾体抗炎药物止痛，因亚甲炎是一种免疫反应，有些病人需激素治疗，病人要遵医嘱，适当调整药量，提前停药会导致复发，病情平稳后，切忌情绪激动，也不要再感染，防止反复发作。
对亚急性甲状腺炎的病人，合理的饮食对于促进疾病康复，预防复发都是非常重要的对于亚急性甲状腺炎的病人，根据甲状腺功能的不同，饮食原则也是不一样的。如果是引起了甲亢，那么病人要注意饮食以高热量，高维生素，高蛋白，高热量，低脂肪为宜。忌食辛辣刺激食物，不要吸烟饮酒，不要进食各种烧烤食物和油炸油煎的食物，不要进食海带紫菜等海产品，不要进食过多的高纤维食物。
亚甲炎的典型临床分期，可分为3期：
一是前期，又称为甲状腺毒症期，病情通常较急骤，全身可有热表现，伴畏寒、浑身无力等，最具特征性表现为甲状腺部位疼痛及压痛
第二个是晚期，也就是最后一期，这段时间主要是发生在甲状腺腺瘤阶段，通常在肿瘤形成之后才能够进行手术切除。
三是恢复期，前两期症状在这期间有逐步减轻，甲状腺肿或结节亦能逐渐消失，当然，有些病人留下永久性甲减。