口腔溃疡根据病因不同，治疗方案也不同。如果溃疡由创伤引发，可通过去除刺激因素，同时促进溃疡愈合进行治疗。如果是复发性阿弗他溃疡，治疗方案比较复杂。常见药物为免疫抑制剂或漱口水等，病人可口服或外用。需要注意，复发性阿弗他溃疡，服用抗生素治疗无效，所以病人要在医师指导下服用药物，切忌自行服药。
以消除病因、增强体质、对症治疗为主。治疗方法应该坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合，对症治疗。口服维生素B、C和增进机体的抵抗力，有助于溃疡的愈合。
维生素的缺乏，病人比较挑食，不喜欢吃水果蔬菜，很容易诱发复发性口腔溃疡。还有免疫系统问题，如果病人本身患有自身免疫系统类的疾病，也容易引起复发性口腔溃疡。或者病人的精神因素，如果经常处于精神紧张的状态，或者学习很辛苦，没有得到适当的休息，没有良好的睡眠，也容易引起口腔溃疡。
治疗复发性口腔溃疡采取全方位数字自动分析仪，口腔，细菌培养，免疫检查这些来明确病因，针对性的治疗的，主要是因为免疫失衡引起的，要从中医角度去提升自身免疫力，先要找准病因，然后再针对性对因施治。
口腔溃疡反复发作，应该是由于缺乏维生素，或者是缺微量元素锌。可以补充多种维生素，再补点锌，这样能减少口腔溃疡发病。可能考虑还是维生素缺乏。平时可以多吃一些含维c比较高的，比如橘子，橙子之类的。
口腔溃疡反复发作根源是免疫、遗传和环境可能是口腔溃疡发病的“三联因素”，自身免疫力下降、体内缺乏维生素C等也会引起，另外口腔溃疡发生还可能和一些消化系统的疾病有关系。过于疲劳、精神压力太大情况下也会造成上火引起口腔溃疡的。
