通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
通常囊肿小于5厘米是无症状的，所以没有必要治疗。只需要定期的超声波检查来观察它的变化。大于5cm的囊肿可能出现并发症，如肝囊肿引起的胆管扩张、继发性高血压或肾囊肿压迫肾动脉或肾盂引起的肾积水，肝、肾表面的大囊肿甚至有破裂的危险。
腱鞘囊肿手术后复发可以进行二次手术。
术后出现的肌腱鞘囊肿复发，需要进行第二次外科切除。不过，做完这台手术，疤痕粘合的情况并不好。因此，在做完这一系列的手术之后，一定要谨慎地进行分离，避免对周围的神经和血管造成的伤害，术后要多休息，避免出现反复。伤口要及时进行换药和杀菌。要做好局部护理工作，注意休息。
通常情况下，腱鞘囊肿做手术后复发可以通过二次手术来改善。
腱鞘囊肿术后再发的可能性很小。如果复发，很有可能是因为首次手术后腱鞘囊肿囊壁没有彻底清除，或是新的囊肿在新的位置生长。如果囊肿复发并不会对日常生活造成很大的影响，也可以不治疗。如果出现局部疼痛压迫神经，引起疼痛、麻木等症状，可能会影响工作和生活，则要重新做一次手术。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
