如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
通常情况下，月经巧克力色可能是出血量比较少导致的。具体情况分析如下：
月经一般是暗红色的，主要是由动静脉血液、宫颈管黏液、子宫内膜碎片等组成。月经巧克力色的改变是因为出血量较少，在经历了酸碱环境的影响后，会呈现深棕色或深棕色，随着月经量的增多，颜色会逐渐转变成暗红色，如果怀孕期间持续这种情况，可以服用乌鸡白凤丸进行调理，并要多在意出血的量。
通常情况下，月经期间能吃巧克力。具体情况分析如下：
月经期间能吃巧克力，巧克力是属于高热量的食物的，高热量的甜食能够增加血液循环，减缓平滑肌的收缩与血管的痉挛，所以有助于缓解经痛。而且巧克力又含有大量的单糖，可使糖份迅速为人体吸收，并且巧克力本身也含有一些咖啡因，对于患者月经期间的痛经或是因为失眠所造成的轻微头痛、头重也有缓解的作用。但是注意不要多吃。
如果囊肿比卵巢长，应在怀孕前治疗，以便怀孕生子。们可以先用药物来治疗。如果效果不明显，或反复疼痛，有必要选择手术治疗方法，传统手术或微创手术治疗这种疾病。有复发倾向，选择正规高新技术专科医院可以签约治疗，在医生的指导下对症的治疗。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，防止卵巢巧克力囊肿的复发。
