治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
新生儿出生后一般都需要在出生三天左右进行足跟血的采集，就是甲状腺功能低下的筛查。因为甲状腺功能低下有可能会对孩子的智力发育，体格的增长产生非常大的影响。
很多孩子进行检查，会发现有甲状腺功能低下症状，或者有促甲状腺激素水平升高或者偏低的情况。如果出现有数值的异常，考虑进行复查。很多孩子在进行复查以后都会有明显的改善，而且很多孩子是可以达到正常范围的。一般并不需要特别的治疗。如果复查之后仍然存在甲状腺功能异常，可以考虑应用相关的药物进行治疗。
一般情况下，甲状旁腺功能低下是能治疗的。
引起甲状旁腺功能低的病因，多见于术后继发，如甲状腺推荐切除，或者伤及甲状旁腺后，可引起甲状旁腺低，慢性炎症、内分泌疾病等也可能会引起甲状旁腺功能低下。如果患者出现甲状旁腺功能低下的情况，可以在医生指导下服用药物进行治疗，还可以配合其他一些辅助疗法进行治疗，有利于改善病情，促进身体的恢复。患者平时应注意饮食，尽量保持饮食清淡，并定期去医院复查。
先天性甲状腺功能减退症是由患儿先天性甲状腺缺陷或母亲孕期饮食中碘缺乏引起的。
主要表现为体格和智力障碍，孕期胎动可过少。出生体重较重，身高头围正常，但前后轮门大，胎粪排出迟缓，出生后腹胀、便秘、睡眠不足、运动不足，黄疸消退延迟、少食、喂养困难，四肢寒战体温低于35。患者之所以能出现脐疝、呼吸困难，主要是因为舌大而厚，呼吸道黏膜有粘液水肿，气道不通畅，鼻梁低而平，眼距宽，舌大，颜面水肿等特殊面部。治疗主要采用甲状腺激素替代治疗，由于先天性甲状腺功能减退，治疗越早预后越好，有望早期诊断。
有76%的人会有抑郁的表现，比如无助，往往先于身体的表现。
有些病人还会出现幻觉，幻想等心理疾病。在做完手术之后，还可能会导致患有抑郁症，如甲状腺炎、长期服用锂盐等。与此形成对照的是，约10%的忧郁症病人存在某种程度的低甲状腺激素，并且经常出现亚临床症状。无征兆的自体免疫性甲状腺炎，在接受锂盐疗法的病人和分娩病人中，都会出现轻度的甲减，这些都会使病人出现忧郁症。
先天性甲状腺功能低下症状通常是进食少、喂养困难、便秘等。
先天性甲状腺功能低是由先天性因素造成的甲状腺功能异常，大概超过95%的婴儿在出生时并没有明显的征兆。但是，部分婴儿发病后会有动作比较迟钝、容易打瞌睡的表现，需要叫醒以喂养婴儿，婴儿还可能会发出沙哑的叫声。此外，婴儿多有食欲不佳、吃得少、喂食困难、便秘、体温较低等表现，可能出现体长偏短、皮肤干燥、舌头大、脐疝、囟门大、面部浮肿等症状。
