卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
检查发现卵巢畸胎瘤是需要手术治疗治疗的。首先，需要手术明确卵巢畸胎瘤的性质，手术方式可以选择开腹手术术，或者微创腹腔镜手术，目前多选择腹腔镜微创手术，损伤小恢复快。如术前高度怀疑恶性或绝经女性可选择附件切除术。术后定期复查即可。另外，如果卵巢畸胎瘤为不成熟畸胎瘤，即为恶性情况，术后需要配合化疗来进行治疗。
卵巢畸胎瘤分为成熟型畸胎瘤和未成熟型畸胎瘤两种类型，分别采用不同的外科方法进行处理。
成熟型畸胎瘤多见于青年女性，一般应行手术切除；未成熟型畸胎瘤也是比较常见的，是恶性肿瘤，需要考虑到肿瘤的分级，以及外科治疗的范围。若从保存生殖能力的角度来看，应选择一侧辅助手术；在不需保留生殖能力的情况下，可以采用手术治疗，将患侧附件切除掉。
如果是很大的，第一个是卵巢的储备率下降，对卵巢功能造成损害。特别是恶性的，如果两侧卵巢都切除，会提前出现更年期；如果是良性的、切除单个的，甚至＜5cm这类的病例，切除后并发症是很少的。
左侧卵巢畸胎瘤一旦检查出来并且确诊，必须争取早期发现手术切除，以避免良性畸胎瘤因耽搁科研手术而导致肿瘤恶变，发现同时可预防肿瘤感染、破裂、出血及并发症的发生。
月经期间卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
患者可以在月经结束后采用手术的方式进行治疗，临床上手术主要有卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。另一种是输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
