多重耐药菌治疗的时间根据个体差异病程不尽相同，病程的长短与基础疾病和感染的部位以及机体抵抗力有关。基本其他基础疾病较轻，身体机能较好的，感染症状不重。按照药敏结果合理用药，1到2周就会治愈。
一定要置于单人房间，建立隔离标记。限制活动范围，如果需要转院时必须采取严格、有效的措施，减少污染。密切接触时必须要戴口罩，进行可能污染工作服的操作时要穿隔离衣，离开病房时要脱下隔离衣并且洗手。要遵循严格的手部卫生管理，要认真执行六步洗手法。接触血液、体液、分泌物和排泄物时必须戴手套，脱手套后也必须洗手。要每日做好环境的清洁和消毒的工作。
多重耐药菌主要是接触传播，比如污染的手、污染的医疗用品，还有污染的医疗器械等。多重耐药菌对人体的伤害非常大，主要原因在于对很多抗生素都有抵抗作用，也就是各种抗生素或者大量抗生素都无法消灭多重耐药菌。
耐药菌是在使用抗生素药物的时候，细菌与药物多次接触后，对药物产生耐药性，敏感性减少或消失，导致药物对耐药菌的疗效降低，甚至没有效果。耐药菌是指具有耐药性的病原菌，在长期使用抗生素之后，抗生素对微生物，细菌产生一定的耐药性和抵抗力，所以就没有效果。
多重耐药菌不会传染，耐药菌是分不少种类的，如果是多重耐药菌感染对抗生素通常不是特别的敏感，最好作药敏实验，依照药敏实验选择抗生素，一定要积极抗感染治疗，避免病情的扩散。
多重耐药菌感染患者首先要单间隔离，也可选择同种病原体感染的患者同一病房隔离，实在没有条件的情况下也可床旁隔离，要有隔离标识，体温计、血压计等诊疗用品要单独使用，用后要消毒。
