通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
痛经分为原发性痛经和继发性痛经。继发性痛经是由于子宫内膜异位症、盆腔炎等病理情况引发的。而较为常见的原发性痛经是指生殖器官无器质性病变情况下发生的痛经，原因可能与子宫内膜释放的前列腺素水平、精神或神经因素有关。如果痛经的程度严重，需要检查排除继发性痛经。
对于子宫腺肌症，常常会导致在月经期出现明显的痛经症状，这时只能服用止痛药来进行对症止痛，对于年纪比较轻，暂时没有生育要求的女性，可以在宫腔内放置环来进行调理。
子宫腺肌症不是因为囊肿，而是因为子宫内膜生长在子宫内腔的肌层。
女性在来月经期间，子宫内膜会脱落，而子宫肌层的子宫内膜因为不能继续生长，就会在子宫肌肉上出现剥离、出血，这种重复的情况会使子宫增大。囊肿分为卵巢囊肿和输卵管囊肿，两者属于两个不同的组织，两者之间没有任何关系，因此，子宫腺肌症并不是由囊肿造成的。
不需要开刀治疗的，有时候也会有生理性卵巢囊肿的，建议可以口服消炎药治疗或是月经期间打消炎针治疗后复查的，同时注意合理饮食及腹部保暖，避免生冷辛辣刺激的，注意经期卫生。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
