男性生殖器在小便的时候疼痛一般是因为内部有炎症，因为生殖器内部有尿道，所以考虑是由于尿道炎导致的。尿道炎是一种性传播性的疾病，建议可以上医院查小便分泌物和小便常规明确诊断。
一般情况下，生殖器流浓、小便还痛可以采用以下方式进行缓解：
出现生殖器流浓、小便还痛，首先要考虑是不是有尿道炎，以淋病为主。淋巴氏杆菌是淋病毒感染最主要的致病细菌。该病是一种性病。对于淋病的患者，可以口服一些比较灵敏的药物，例如头孢曲松钠，大观霉素类药物。上述两种药物均能起到一定的杀菌作用，对淋菌性尿道炎的临床表现也有一定的抑制作用。
平时一定要多喝水，多排尿，避免辛辣刺激的食物。可能是由于有尿路感染引起的症状，有害的致病菌进入到尿道里面，形成炎症刺激所引起的尿痛。尽早到医院泌尿外科就诊检查，尿常规，彩超等来明确诊断，然后抗炎对症治疗。
生殖器流脓小便刺痛需要考虑是尿道炎的可能性。尿道炎是属于性病，一般是通过不洁性生活来进行传播，所以出现一般都发生过不洁的性生活。对于尿道炎一定要进行积极的重视，否则有可能会影响到家人朋友引起交叉感染。当出现这些临床症状，可以及时到医院去做尿常规、尿培养、分泌物涂片检查，分泌物培养检查来找到相应的致病菌。
生殖器疱疹会有疼痛，有的人疼痛的比较厉害，生殖器疱疹是有单纯疱疹病毒感染引起的，在生殖器官周围会出现单个的或是成簇的小水泡，几天后水泡会破裂出现糜烂和溃疡，所以会有疼痛的感觉。
