妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
进行抗感染治疗，如果明确是感染所引起的，可以用抗生素进行治疗，如果在观察期间及时复查，可以看到囊肿急速的增大，并且引起明显的临床症状，影响了日常生活，需要考虑手术的方式。
颅内囊肿如果是继发性的，脑囊肿一般指蛛网膜囊肿、皮样囊肿和上皮样囊肿。均属良性病变，也可有头疼等症状。一般药物只能对症治疗，不能消除囊肿。可定期复查对比。囊肿较大或症状较重时可手术切除。要看如果比较小，可以观察，囊肿大有压迫症状所以经常有头痛，头晕，癫痫等，是会影响学习和生活的。如果不及时治疗，会严重影响生活。比如出现颅内压增高，头痛，恶心、呕吐，会引起癫痫等，或者可能出现脑积水等。如果有明显症状和占位较大的话，需要手术治疗。
颅内囊肿跟脑瘤是不同的疾病，囊肿属于良性的占位，而脑瘤是指脑部的肿瘤。囊肿也有很多不同的类型，最常见的是蛛网膜囊肿，囊肿如果小对于身体的健康没有影响，也很少出现持续的增大。而脑瘤有良性肿瘤，也有恶性肿瘤，会出现持续的增长，甚至可以危及生命。
女性在怀孕中晚期检查彩超，发现胎儿颅内囊肿，这时就应该考虑做羊水穿刺，来进一步确诊囊肿的性质。如果确实羊水穿刺异常，而考虑胎儿畸形，那就应该尽快引产终止妊娠，因为胎儿畸形在生产分娩后治好的几率比较低，而且花费又特别高。如果胎儿颅内的囊肿比较小，而且羊水穿刺又正常，那可以考虑继续妊娠，并随访复查彩超，观察囊肿的大小变化。
