新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
新生儿乙肝是指新生儿期感染了乙型肝炎病毒。
新生儿乙肝是由乙型肝炎母亲通过母婴传播或围产期传播引起的。新生儿乙肝发病缓慢，临床上少见。婴儿乙肝阻断注射顺序：婴儿出生后12小时内应注射乙肝免疫球蛋白，同时注射不同部位的乙肝疫苗。乙肝疫苗接种的程序是0,1,6个月。该方案实施后的保护率为95%。接种完疫苗可以查乙肝表面抗原。
可以通过接种疫苗的方式预防新生儿乙肝。
母亲若患有乙型肝炎，在新生儿出生后立即打乙型肝炎疫苗，并在第一时间内给予有效价免疫球蛋白，可以提高阻滞的成功率，预防乙肝。在孩子出生之后，如果妈妈没有乙肝，那么就只是一种简单的乙型肝炎的阻断，只需接种疫苗，一般就可以预防乙肝了。之后要定期进行乙肝抗体测试，打三次乙型肝炎疫苗，直至出现抗体。
新生儿的乙肝免疫球蛋白最好是在出生的时候就注射。
新生儿对乙肝病毒没有免疫力，需要主动免疫和被动免疫，乙肝免疫球蛋白是被动免疫，而乙肝疫苗是主动免疫。如果母体HBV-DNA、HBsAg、HBeAg均为阳性，则必须同时使用两种药物进行新生儿免疫。新生儿的HBV免疫球蛋白必须在出生后12个小时内立即进行。
乙肝疫苗第2针一般在满月后接种，但是如果孩子有异常情况，比如发热，黄疸，流涕，咳嗽，腹泻等症状时，是不能接种疫苗的，因为会使病情加重，对孩子的身体健康造成损害，此时应该延期，积极治疗疾病，直到病情完全恢复时进行接种。